学会誌「EICA」

[研究発表] ITS領域をプローブとしたPCE分解菌等検出用DNAマイクロアレイの作製

内容

当研究室によって開発されたDNAマイクロアレイは実際のサンプルからPCE分解菌を検出、定量することができる。16S-23S rDNA間ITS領域を用いて6つの条件を基にプローブを設計することで、種レベルで識別して検出することに成功している。これらのプローブを持つDNAマイクロアレイは競合ハイブリダイゼーションを行うことで、クロスハイブリダイゼーションを避けて特異的に目的の菌株を検出できることが示唆された。また、新たに設計したPCE、cis-DCE、ノニルフェノール分解菌を含む5菌株のプローブも特異的に目的の菌株を検出できることが示唆された。

巻

10巻3号2005年

Page

98

題名

ITS領域をプローブとしたPCE分解菌等検出用DNAマイクロアレイの作製

Title

Detection of PCE-degrading bacteria from environment using ITS-based DNAmicroarray

著者

中原大輔，Randolph Scott Jr.，高見澤一裕

Authors

Daisuke Nakahara，Randolph Scott Jr.，Kazuhiro Takamizawa

著者表記

岐阜大学 応用生物科学部 生物反応工学講座 環境微生物学研究室

Author attribution

Gifu University Faculty of Applied Biological Science Environment Microbial Engineering and Technology

著者勤務先名

Office name

著者所属名

キーワード

バイオレメディエーション，PCE，cis-DCE，DNAマイクロアレイ

Key Words

Bioremediation，PCE，cis-DCE，DNAMicroarray

概要

当研究室によって開発されたDNAマイクロアレイは実際のサンプルからPCE分解菌を検出、定量することができる。16S-23S rDNA間ITS領域を用いて6つの条件を基にプローブを設計することで、種レベルで識別して検出することに成功している。これらのプローブを持つDNAマイクロアレイは競合ハイブリダイゼーションを行うことで、クロスハイブリダイゼーションを避けて特異的に目的の菌株を検出できることが示唆された。また、新たに設計したPCE、cis-DCE、ノニルフェノール分解菌を含む5菌株のプローブも特異的に目的の菌株を検出できることが示唆された。

Abstract

An independent on-site biostimulation experiment of a PCE-contaminated groundwater was performed to increase the amount of bacteria involved in the bioremediation of PCE.. In our lab, total genomic DNA were extracted from the samples and the DNA was used for detecting PCE-degrading bacteria using a 40-mer internal transcribed spacer sequence (ITS) microarray.